основана, вероятно, во 2-й пол. XV в. на месте подвигов и погребения прп. Варнавы Ветлужского († 1445?), на т. н. Красной горе, на правом берегу р. Ветлуги (ныне пос. Варнавино Нижегородской обл.). Первое надежно засвидетельствованное упоминание В. п. содержится в жалованной грамоте царя Иоанна IV Васильевича 26 июля 1551 г. строителю мон-ря Савватию (Антонов. С. 152). В монастырских актах упоминается грамота мон-рю вел. кн. Василия III Иоанновича 1530 г., однако при передаче содержания этой грамоты допущены анахронизмы, заставляющие сомневаться в ее существовании (Там же. С. 150). Варнавиной пустынь впервые названа в грамоте царя Василия Иоанновича Шуйского 1607 г. (Там же. С. 153). Находясь на границе русских земель, В. п. долгое время была единственной православной обителью Поветлужья и сыграла большую роль в распространении христианства среди ветлужских черемисов (марийцев), при этом монастырь испытывал постоянную угрозу захвата своих угодий со стороны как черемисов, так и русских крестьян, осваивавших новые земли. В 30-х гг. XVI в. насельники В. п. скончались от морового поветрия (очевидно, эпидемии чумы), обитель пришла в запустение, но в кон. 40-х гг. была возобновлена строителем Савватием. В 1610/11 г. (см. Смутное время) в ходе крестьянского бунта В. п. была сожжена, монахи были разогнаны. Настоятель просил духовные власти о приписке пустыни к казанскому в честь Преображения монастырю, что и произошло в 1614 г.; по-видимому, к 40-м гг. XVII в. В. п. снова стала самостоятельной.
В XVI-XVII вв. в В. п. имелись деревянные Троицкий храм и Никольская ц., возведенная над местом погребения прп. Варнавы. В 1666 г. вместо сгоревшей Никольской ц. над Красной горой был построен новый шатровый храм с таким же посвящением, в к-ром находилась гробница прп. Варнавы. Рядом с ним стояли небольшая Троицкая ц., высокая шатровая колокольня и часовня (возможно, на месте кельи прп. Варнавы). У подножия Красной горы, на берегу Ветлуги, располагалась надкладезная часовня - над источником, изведенным, по преданию, по молитве прп. Варнавы. Вероятно, во 2-й пол. XVI в. близ В. п. возникла небольшая монастырская слобода с деревянной часовней во имя прп. Варнавы.
К сер. XVI в. В. п. владела 7 починками на Ветлуге «с новопоселенными крестьяны, которые поселились по призыву того монастыря строителя старца Сергия с братиею, с пашнею, и лесом, и с рыбными ловлями в реке Ветлуге и за рекою Ветлугою во езерах со всякими угодьи». Грамотой 1551 г. царь Иоанн IV подтвердил права В. п. на ее владения, находившиеся «по обе стороны Ветлуги реки», на территории ок. 150 км - от устья р. Вол до устья р. Усты. В кон. 50-х гг. XVII в. на левом берегу Ветлуги, в 5 верстах от В. п., братия возвела деревянную Покровскую ц. с приделом во имя свт. Алексия, митр. Московского. В 1663 г. по грамоте царя Алексея Михайловича пустыни был отведен «под кладбище, и под дворовую селитьбу, и на прокормление» примыкавший «к той церкви» участок леса от верховий р. Нелидовки до р. Усты площадью в 16 113 дес. Известны также грамоты пустыни с новыми пожалованиями или подтверждением прежних владений и льгот царей Феодора Иоанновича (1595), Василия Иоанновича Шуйского (март и июль 1607), Петра и Иоанна Алексеевичей (1688). В 1617 г. В. п. принадлежали 15 дес. монастырской пашни, 3 деревни и 5 починков, в которых имелось 22 двора крестьянских и 2 двора бобыльских, 66 десятин крестьянской пашни. К 1764 г. у В. п. имелось 7 деревень, в к-рых проживало 352 чел.
Вероятно, с самого основания В. п. была общежительной (в грамоте 1551 г. сказано: «На реке Ветлуге на Великом погосте бывал изстари мон-рь общежитийный»). В 1617 г. в пустыни жили 5 чел., в 1702 г.- 17 чел. В 1698 г. указом Петра I В. п. приписали к московскому в честь Богоявления Господня мон-рю, но через неск. лет пустынь вновь стала самостоятельной. В 1723 г. был закрыт Кажиров свт. Николая Чудотворца мон-рь (ныне с. Кажирово Вохомского р-на Костромской обл.), его иноков перевели в В. п., в к-рой они жили до 1727 г., когда Кажирова обитель вновь открылась и братия вернулась в нее.
В 1764 г. В. п. была упразднена, ее храмы превращены в приходские, земли и крестьяне переданы Коллегии экономии. Примыкающая к монастырю небольшая слобода стала называться с. Варнавина Пустынь, в 1778 г. село было преобразовано в г. Варнавин, в 1797 г. ставший центром Варнавинского у. Костромской губ. С образованием города Никольский и Троицкий храмы бывш. обители стали соборами Варнавина, особым почитанием пользовался летний деревянный Никольский храм, в к-ром под спудом почивали мощи прп. Варнавы. В 1836 г. вместо деревянной Троицкой ц. возвели каменный (зимний) храм. Весной 1912 г. Ветлуга подмыла крутой берег Красной горы, в связи с чем 22 мая мощи прп. Варнавы извлекли из-под спуда, перенесли в Троицкий храм и положили под полом придела во имя прп. Варнавы. 10-11 июня 1914 г. в присутствии мн. тысяч паломников в Варнавине состоялись торжества, возглавляемые архиеп. Костромским и Галичским Тихоном (Василевским), в ходе к-рых мощи прп. Варнавы были переложены в установленную в Троицком соборе серебряную раку.
В нач. 1930 г. Троицкий храм был закрыт, в нем устроили клуб - «Нардом имени XIII-й годовщины Октября», в кон. 30-х гг. здание разобрали. В 1932 г. разобрали на дрова шатровый Никольский храм. В 1930 г. мощи прп. Варнавы перенесли в последний действующий храм Варнавина - деревянную кладбищенскую ц. во имя арх. Михаила, после ее закрытия ок. 1937 г. судьба мощей преподобного неизвестна. 11/24 июня 1999 г., в день памяти прп. Варнавы, на месте разрушенных храмов В. п. Нижегородский и Арзамасский митр. Николай (Кутепов) совершил закладку деревянной ц. во имя прп. Варнавы Ветлужского, спустя год освятил новопостроенный храм. В тот же день на месте древнего Никольского храма, воздвигнутого над местом погребения прп. Варнавы, был установлен деревянный памятный крест.